Buraya ilk yapıyı Bizans İmparatoru İoannes Komnenos’un eşi Eirene yaptırmıştır.Christ Pantokrator şapelinin yapım tarihi 1118-1124 yıllarıdır. Eşinin ölümünden sonra İoannes Komnenos ilk yapının yanına bir kilise daha yaptırdı ve Theotokos Eleousa’ya adadı. Daha sonra bu iki yapı birleştirildi ve Komnenos ve Palaiologos hanedanlıklarının İmparatorluk mozelesi haline geldi. 

Kilisenin banisi Bizans İmparatoru II. İoannis ve ailesi tarafından yaptırılmış ve “Her Şeye Kadir İsa” ya adanmıştır. Bu yüzden orijinal ismi “Hristos Pantokrator’a” ithafen Pantokrator olmuştur.

Yukarıda saydığımız bu yapı bloğunun altında Fokas Sarnıcı bulunur.

Latin işgali döneminde yapıdaki kutsal eşyalar yağmalandı. Bu eşyalardan biri Hz. İsa’nın gerildiği düşünülen çarmığın bir parçasıydı(Fransa’da). Buradan yağmalanan birçok eser Venedik’teki Saint Marco Kilisesi’ndedir.

 

Bu muhteşem yapının önemi o kadar fazladır ki,Komnenos ve Paleologos Hanedanlıkları üyeleri ve yüksek rütbeli Bizans yöneticileri ölünce buraya gömülmüşlerdir. Ama tabi bu kilisenin ihtişamlı günleri 4.haçlı seferleri esnasında (1204-1261) yapılan olağanüstü yağmalar sonucunda sona ermiştir.

İstanbul’un Fethinden sonra bu bina çoktan harabe haline gelmiş,hapishane olarak kullanılmaya bile başlamıştır. Fatih Sultan Mehmet, burada hapis tutulan Georgios Kourtesios Scholarios’u Ekümenliğin “ilk“ İstanbul Patriği olarak görevlendirmiştir.

Aynı dönemde Fatih Sultan Mehmet,bu kilise ve çevresinin cami ve medrese olması emrini vermiştir. Hazırcevap Mehmet Efendi olarak bilinen bir alimi de buraya baş öğretmen olarak atamıştır. Hazırcevap isminin karşılığı olarak Zeyrek ismini alan,zekasından ötürü de Farsça Molla olarak dillendirilen Mehmet Efendi sayesinde  Molla Zeyrek Cami adını almıştır.

Yapı Kilise’den çevrilme bir Cami olduğu için,”Bizans” döneminden bazı izler görebiliriz :)